在HACCP的運用過程中，使用微生物標準，是進行關鍵控制監(jiān)測最有效的方法。關鍵控制點監(jiān)測也可用物理、化學及感官評估等方法來完成。主要有以下6個程序： 

　　1.危害分析：要從原料的生產(chǎn)、加工工藝步驟以及銷售和消費的每個環(huán)節(jié)可能出現(xiàn)的多種危害（包括物理、化學及微生物的危害）進行確定，并評價其相對的危害性，提出預防的措施。 

　　2.關鍵控制點（CCPS）的確定：關鍵控制點是指那些若控制不力就會影響產(chǎn)品的質(zhì)量，從而危害消費者身體健康的環(huán)節(jié)。一般說來，關鍵控制點要少于6個。一旦被確定為關鍵控制點則都要照例進行監(jiān)測。所以說，關鍵控制點的選擇是HACCP系統(tǒng)的主要部分。 

　　3.設定管制CCPS的標準：對已經(jīng)確定的每一個CCPS，都必須制訂出相應的管制標準和適當?shù)臋z測方法。經(jīng)常管制的標準包括：時間、溫度、水份活度（a.）、pH值、可滴定酸鹽的濃度、防腐劑含量、有機氯濃度等。 

　　4.標準設定后，每一個CCPS都必須進行例行監(jiān)測，以確保每一環(huán)節(jié)都維持在適當?shù)墓苤茽顟B(tài)下。每次CCPS檢測的結果都要進行認真記錄、存檔，便于今后對可能出現(xiàn)的事故進行分析鑒定。 

　　5.CCPS修正計劃：當發(fā)現(xiàn)某一個CCPS超出管制標準，應有臨時性修正計劃，該計劃包括如何使CCPS回復到再管制狀態(tài)以及建議在CCPS超出管制標準期間所生產(chǎn)的產(chǎn)品如何處理。 

　　6.HACCP系統(tǒng)有效性確認：HACCP系統(tǒng)有效性確認是通過對最終產(chǎn)品進行微生物、物理、化學及感官檢測來完成的。特別是微生物檢測是最為有效的確認指標，但微生物檢測法通常不直接用來檢測CCPS。有效性確認可以是廠家自查或請政府檢測機構來完成。 

企業(yè)HACCP認證的主要程序：

　　認證機構作為第三方認證的基本程序一般分為以下幾個階段：認證資料審核受理、現(xiàn)場審核、糾正措施及跟蹤、認證審核報告、認證后的監(jiān)督。

　　1. 企業(yè)根據(jù)自己的實際情況，按照規(guī)定提出認證申請，填寫《HACCP體系認證申請書》。在提出申請的同時陰干認證機構的要求提交相關資料。認證機構對申請企業(yè)歲遞交的資料進行初步審核，決定是否受理其認證申請。認證文件資料的審核簡稱文審。文審時進行現(xiàn)場認證的基礎。經(jīng)資料初審可接受申請的，雙方須簽訂認證合同，不予受理認證的認證機構應發(fā)放不予接受申請的通知書。

　　2. 簽訂認證合同后，認證機構組建審核小組，進入資料技術審核階段。文件資料審核主要是對其符合性、系統(tǒng)性、充分性、適宜性、協(xié)調(diào)性進行的審核。根據(jù)審核情況，決定是否赴企業(yè)進行初防，初步了解企業(yè)HACCP體系運作情況，為審核的可靠性收集信息。在文件資料審核、初訪的基礎上，編制HACCP體系現(xiàn)場審核計劃。

　　3. 審核組由組長、審核員、專業(yè)審核員組成，組內(nèi)至少配備一名有相關專業(yè)能力的成員。?審核組要參加企業(yè)的見面會，按計劃或方案進行現(xiàn)場審核。通過現(xiàn)場觀察、記錄審查、提問??抽查等方法，應對現(xiàn)場審核提出評審意見，歸結審核證據(jù)，溝通審核結果，編寫認證審核報告

　　4. 審核結論包括三種情況：推薦認證通過;推遲認證通過;不推薦認證通過。?在HACCP的認證過程中，糾正措施一般有現(xiàn)場跟蹤驗證;對糾正措施的實施記錄追蹤檢查;對糾正措施實施方案的跟蹤。要求三個月內(nèi)完成糾正措施。根據(jù)《認證機構實施HACCP質(zhì)量體系認證的認可基本(試行)》的規(guī)定，認證機構需每年組織全部體系進行一次復評，復評至少包括一次文件審查和一次現(xiàn)場審核。

　　認證機構可對獲證企業(yè)進行監(jiān)督審核，通常為半年一次，監(jiān)督企業(yè)實施HACCP體系。