ISO9001認證體系的運行中，應根據運行情況管理者代表應組織檢查，發現有可操作性差的程序內容或質量記錄應及時修改、確認、調整。各部門根據下發的體系文件組織學習，并按ISO認證機構指定的程序文件運行，確保有關運行記錄真實、完整。

體系運行改進內容：

1、ISO9001質量管理體系運行改進措施培訓；

2、對ISO9001認證體系試運行中出現的有效情況進行改進；

3、對體系試運行中出現的不適宜情況進行改進；

4、對體系試運行中出現的不充分情況進行改進。

ISO9001管理體系除了證書以外，更重要的是在企業里有效的運行不然就算擁有ISO9001認證證書也不過是一種形式主意罷了!ISO9001推行需要經過三大階段八大步驟。其中三大階段分別是破冰期、教化期、凝固期，八大步驟則分別是破冰期的現狀調查、成立推行小組、制定獎罰制度、制定推行計劃;教化期的教育培訓、消除阻力、檢查糾正;凝固期的持續改善，養成習慣。

　　破冰期—準備的越充分，成功的可能性越大

　　第一步：工廠的現狀調查。

　　只有知道工廠目前的現狀，才能制定出相對應的計劃，如果不能認清工廠的現狀，ISO9001推行是不可能成功的。工廠現狀調查時，既要了解工廠各部門的組成情況、工廠人員的總體文化水平、各部門的職責權限及各部門之間的關系，又要了解各部門負責人的背景及個性特點。

　　第二步：成立推行小組

　　不管做任何事情，都不是僅僅靠一兩個人就能做成功的，只有有了一個強有力的組織，才能給推行的成功帶來保證。推行小組的成員一般是由各部門的主管組成，同時，對推行小組成員的培訓也是很重要的事情。

　　第三步：制定獎罰制度。

　　不管什么東西，與個人的報酬聯系起來，效果才會大，但個人報酬的增減是最容易引起沖突的，所以，先要將獎罰措施制度化，得到大多數人的認可，在日后執行獎罰措施時才不會產生大的矛盾。

　　第四步：制定推行計劃。

　　有了計劃，才能指導今后的行動，保證按部就班的行動而不會忙亂。推行計劃的內容一般包括有執行時間、執行人、作業內容、作業目標、應急對策等。

　　教化期：沒有做不成的事情，只有想不到的方法

　　第五步：文件建立及實施的培訓。

　　只有教會了他人如何去做，他們才能做出來。不僅要教會管理者制定文件，也要教會作業者按文件要求去作業。

　　第六步：排除阻力。

　　ISO9001失敗的原兇是人為阻力，只有消除了阻力，才能令ISO9001運行真正成功，要排除阻力，首先要看清阻力產生的源頭，然后針對阻力源選擇解決的方法。阻力來源一般是人員不習慣，因要做記錄，員工覺得增多了工作量，所以反對，另外還有擔心自己的利益被侵犯而反對。

　　第七步：體系效果檢查。

　　培訓是否產生了效果，還要依靠檢查后才能證實，同時，也正是因為有檢查，才能激勵員工切實按照文件去作業。

　　總之，教化階段要遵照的原則是：不要操之過急，而要慢火煎魚，一步一步去誘導。

　　凝固期：真正令工廠人員養成了習慣，ISO9001推行才算真正的成功

　　第八步：持續改善。

　　獲得了ISO9001證書，并不代表ISO9001推行已經完結。ISO9001的核心就是持續改善，也就是說ISO9001推行沒有終點站。不管做任何事情，只要是沒有養成習慣，就有可能反彈，也就是說，重新回到以前的作業方式和習慣。