全自動超聲波清洗器是基于超聲波在液體中的空化作用，換能器將電能量通過變幅桿在工具頭頂部液體中產生高強度剪切力，形成高頻的交變水壓強，使空腔膨脹、爆炸將細胞擊碎。另一方面由于超聲波在液體中傳播時產生劇烈地擾動作用，使顆粒產生很大的加速度，從而互相碰撞或與器壁互相碰撞而擊碎。
全自動超聲波清洗器廣泛應用在生物化學、醫學制藥、食品檢測、環保監測等領域的破碎動植物組織、病毒、細菌和其它細胞結構以及在乳化、分離、均質等化學反應過程中。
全自動超聲波清洗機使用方便，操作簡便，自動化程度高，可廣泛應用于一些高校大型實驗室，其作用表現穩定，又是非常實用的專用產品類型，其內容豐富，清潔效果好，確保在實際應用中，更具有專業優勢。
超聲波清洗器和超聲波細胞破碎儀其主要原理是相通的，主要區別是超聲波細胞破碎儀把所有的能量集中在探頭上，而超聲波清洗器的能量則是均勻的分布在清洗槽的底部，因此，超聲波清洗器更傾向于脫氣和清洗，而超聲波細胞破碎儀則傾向于細胞破碎、乳化及均質。
超聲波清洗器發出高頻震蕩信號，通過換能器轉換成高頻機械震蕩，使之在清洗液中散播，使液體流動而產生數以萬計的微小氣泡，這些氣泡在超聲波傳播過程中所形成的負壓區成型、生長，在正壓區迅速閉合。
這些非穩態的微小氣泡在聲場的作用下每秒完成數萬次壓縮、擴張的物理過程，可產生超過1000個大氣壓的瞬間高壓，就像一連串爆炸，不斷沖擊物體表面及縫隙中，從而達到清洗的效果。
